GridMol

项目主页:http://gridmol.vlcc.cn/

开发者:中国科学院计算机网络信息中心

当前版本:2.0

License: 专有



概况

GridMol基于国家高性能计算环境,开发面向计算化学领域的一站式服务型软件系统,集分子建模、大分子分片、科学计算、分子信息可视化等为一体。前端提供图形化的计算化学前后处理功能,后端对接高性能计算环境提供丰富的软硬件资源。

主要功能

  • 分子3D建模与分子可视化
  • 提供多个软件的输入文件引导式创建功能
  • 基于分片的线性标度量子化学计算功能
  • 小分子OPT和IRC计算实时可视化功能
  • 小分子计算结果分析:电荷分析、振动分析、光谱分析、计算概要等

特色

专注于为生物大分子的高精度计算提供服务,实现了基于分子片段的自动线性标度计算流程:分子自动分片、批量提交作业和结果分析功能,可支持有效进行蛋白/配体相互作用研究及靶向药物释药过程的机理研究。

针对高性能计算环境中Gaussian软件应用最多但计算中间结果不易获取及直观查看的问题,开发了OPT和IRC计算过程的实时可视化功能,直观形象的给出计算过程中分子结构和能量等的变化趋势,有效帮助用户进行作业管理和进一步研究。



参考资料

  • Sun, Y.; Shen, B.; Lu, Z.; Jin, Z.; Chi, X., GridMol: a grid application for molecular modeling and visualization. Journal of computer-aided molecular design 2008, 22 (2), 119-129.
  • Ouyang, L.; Sun, Y.; Liu, J.; Jin, Z.; Lu, Z.; Chi, X., Performance Optimization for Protein Visualization and Modeling in GridMol System. Computer Engineering, China 2009, 35 (20), 242-245.
  • Duan, Q.; Jin, Z.; Liu, Q.; Chi, X., An Integrated and Grid Based Solution of Chemical Applications. Information Computing and Applications 2010, 40-47.


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