Discovery Studio

项目主页:http://accelrys.com/products/collaborative-science/biovia-discovery-studio/

开发者:Biovia USA, Inc.

当前版本:2018

License: 商业软件



概况

Discovery StudioTM(简称DS),是业界第一个基于Windows系统,在统一的工作界面下,集成了所有药物设计与生物大分子计算方法与模拟工具的软件平台。

主要功能

Discovery Studio™(简称DS),基于Windows/Linux系统,面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境。它服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家,应用于蛋白质结构功能研究,以及药物发现。为科学家提供易用的蛋白质模拟、药物的设计与优化工具。通过高质量的图形界面、经多年验证的科学算法以及集成的环境,DS将实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起,为研究队伍的合作与信息共享提供平台。
Discovery Studio的主要模拟功能包括:

  • 生物大分子:蛋白/核酸的序列分析、蛋白进化分析、蛋白质三维结构的预测与模拟、蛋白质结构表面电荷分析及pKa值预测、膜蛋白的结构预测与模拟、抗体结构的预测与模拟、蛋白理性设计、虚拟氨基酸突变、二硫键预测、虚拟丙氨酸扫描、虚拟饱和突变、蛋白聚集效应预测、抗体的设计与优化、抗体人源化、抗体亲和力成熟、酶的设计与优化、核酸的设计与模拟、蛋白-蛋白(核酸/多肽)相互作用预测、蛋白-小分子相互作用预测、X-ray晶体结构解析等;
  • 计算化学:分子力学计算和分子动力学模拟、拉伸分子动力学模拟、量子力学/分子力学(QM/MM)计算等;
    基于靶标结构药物设计:基于靶标结构的化合物虚拟筛选、全新药物设计、me too/me better药物设计、药靶作用机制解释、分子对接、基于片段的药物设计与改造等;
  • 基于配体药物设计部分:完全基于配体的药效团设计、基于配体-受体复合物的药效团设计、化合物数据库的构建和筛选、药效团数据库的构建与保存、基于药效团数据库的反向找靶、定量构效关系分析(QSAR/QSPR)、构效关系分析(MMP)、虚拟组合化学库的设计与分析、类药性筛选、化合物构象搜索和分析、化合物ADMET性质预测等;

基于上述模拟功能,Discovery Studio的应用主要涵盖药物、化学、生物三大学科,研究领域包括:疾病的发病机理研究、新药发现和设计、生物信息学、结构生物学、酶学、免疫学、病毒学、蛋白质工程、肿瘤研究、食品科学、环境毒理研究等。

 



参考资料

  • https://baike.baidu.com/item/DISCOVERY%20STUDIO/6494799?fr=aladdin
  • http://www.neotrident.com/product/detail.aspx?id=8


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